Geschwüre von Magen und Zwölffingerdarm werden heute meist erfolgreich mit Medikamenten behandelt. Dazu stehen folgende Medikamentengruppen zur Verfügung:

Protonenpumpenhemmer (Protonenpumpeninhibitoren, PPI) wie z. B. Pantoprazol (Pantozol®), Esomeprazol (Nexium®), Omeprazol (Antra®) oder Lansoprazol (Agopton, Lanzor®), blockieren die Wasserstoff-Kalium-ATPase (H,K-ATPase), ein wichtiges Enzym, das für die Säureproduktion im Magen verantwortlich ist. PPI sind wegen ihrer großen und rasch einsetzenden Wirksamkeit die heute dominierende Medikamentengruppe. Protonenpumpenhemmer werden vor dem Essen eingenommen; meist genügt eine Dosis pro Tag, bei Langzeitanwendung und zur Prophylaxe (z. B. bei Kortisoneinnahme) auch 2–3 Dosen pro Woche.

H2-Rezeptorenblocker (H2-Antagonisten) sind ebenfalls hochwirksam, aber schwächer als die Protonenpumpenhemmer. Zu ihnen gehören Ranitidin (Ranitic®), Nizatidin (Nizax®) und Roxatidin (Roxit®). Sie blockieren die Histamin-H2-Rezeptoren an den Belegzellen (Drüsenzellen der Magenschleimhaut) und verhindern so die Magensäurebildung. Meistens werden sie zur Vorbeugung von Rückfällen eingesetzt. Eine Einzeldosis am Tag (abends vor dem Zubettgehen) ist in der Regel ausreichend.

Schutzfilmbildner wie Sucralfat bestehen aus einem Komplex aus Aluminium und Saccharose (Haushaltszucker). Sie sorgen für einen schützenden Film, der sich über die Magenschleimhaut legt. Dazu werden sie möglichst bei leerem Magen eingenommen, also 1–2 Stunden vor einer Mahlzeit. Sie sind schwächer wirksam und deshalb nur noch Reservemedikamente, wenn Protonenpumpenhemmer und H2-Rezeptorenblocker nicht verwendet werden können.

Ältere und deutlich schwächer wirksame Medikamente sind die Antazida, meistens mit Aluminiumoxid und Magnesiumhydroxid (Maaloxan®, Riopan®), und mit Karbonatverbindungen (Rennie®). Sie neutralisieren die Magensäure und werden 1–2 Stunden nach den Mahlzeiten eingenommen. Da sie nur die im Magen befindliche Magensäure neutralisieren, müssen sie hochdosiert und häufig eingenommen werden.

Um eine Helicobacter-pylori-Infektion auszuheilen, werden Protonenpumpenhemmer mit Antibiotika kombiniert, in Form der Eradikationstherapie: 1 Woche lang werden zwei Antibiotika (z. B. Clarithromycin und Metronidazol oder Amoxicillin) zusammen mit einem Protonenpumpenhemmer eingenommen. Die Therapie hat sich als hochwirksam erwiesen; bis zur endgültigen Heilung kann es aber 3– 4 Monate dauern.

Wie bei jeder Antibiotikatherapie ist es wichtig, die Medikamente lange genug und regelmäßig einzunehmen, um alle Bakterien abzutöten und zu verhindern, dass einige wenige Keime überleben, die gegen die verordneten Antibiotika resistent werden.